var filename = File.saveDialog("保存ファイル名は何にしますか？");
var opt = new PDFSaveOptions();
opt.trimMarks = true;
activeDocument.saveAs(filename, opt);

optではさまざまな設定ができます．

一括PDF出力

ディレクトリを指定して，そこに格納されたaiファイルをPDF出力します．

var tgtDir = Folder.selectDialog("aiファイルが格納されたディレクトリを選択");
var files = tgtDir.getFiles();

var l = [];
for (var i = 0; i < files.length; i++) {
	if(files[i].name.split('.').pop() == "ai"){
		l.push(files[i].fullName);
	}
}

for(var i = 0; i < l.length; i++){
	file = new File(l[i]);
	app.open(file);
	var pdfSaveName = new File(app.activeDocument.fullName + ".pdf");
	var opt = new PDFSaveOptions();
	activeDocument.saveAs(pdfSaveName, opt);
	app.activeDocument.close(SaveOptions.DONOTSAVECHANGES);
}