プロジェクトのディレクトリにstaticフォルダを作り、その中にjsディレクトリ、さらに下にsample.jsを配置する例。

app.pyを

app = Flask(__name__, static_folder='static')

とする。

HTMLファイルでは

<script src={{ url_for('static', filename='js/sample.js') }}></script>

としてsample.jsを読み込む。